Центр стал седьмым по счету филиалом офтальмологического комплекса, созданного академиком Святославом Федоровым.

С момента открытия в 1988 году екатеринбургский центр развивается в различных направлениях.

В 1989 году было открыто первое на Урале отделение лазерной хирургии, в 1993-м — отделение контактной коррекции зрения, в 1994-м — первый в Екатеринбурге оптический салон европейского стандарта, а также создана сеть лечебно-диагностических кабинетов и отделений в городах Урало-Сибирского региона.

В 2005—2007 годах открыты два отделения охраны детского зрения, а также городское отделение диагностики и лечения глаукомы.

Научные разработки специалистов Екатеринбургского центра МНТК «Микрохирургия глаза» неоднократно удостаивались международных наград.